La bandera de Atlético Huila está conformada los colores Blanco, Verde y Amarillo. El pantalón es verde y las medias de color amarillo. El pantalón es blanco y las medias del mismo color. En esta ocasión los bordes de las mangas y el cuello son verdes. En denuncia de esa situación y después de la derrota en el partido jugado contra el Real Madrid en enero de 2009 en el que dejaron de señalarse dos penaltis a su favor.
