Mesa fue el quinto presidente de club en menos de cinco años. Pronto se convirtió en presidente y se mantuvo vinculado a la institución durante veintidós años. Entre los intervalos en los que Hernán Botero se ausentó de la presidencia estuvieron a cargo Fernán Jaramillo Isaza, Hernán Villegas Ramírez como encargado, Mario de Bedout y Carlos Restrepo Arbeláez. A finales de 1961 ingresó Hernán Botero Moreno como accionista del Atlético Nacional.
