Durante estos años el filial rojiblanco tiene numerosos problemas para conservar la permanencia, pero su labor formativa es plena al proporcionar jugadores a la primera plantilla como: Abel Resino, Mejías, Tomás Reñones, Sergio Morgado, Marina, Clemente, Mínguez o Pedraza. Por sus filas pasan jugadores que en el futuro serán importantes en otros clubs, casos de Bastón, Torres, Llorente o Estebaranz. La década de los noventa comienza con un filial que no consigue entrar entre los cuatro primeros clasificados que optan al ascenso, obteniendo unas plazas que disgustan a la directiva.
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